In questo luogo nel 252 d.c. avvenne il martirio dei Santi Magno e Paterno.
Nel V sec. Il monaco Sant’Onorato (protettore della città di Fondi) vi costruì una prima comunità monastica che successivamente aderì alla regola Benedettina di Montecassino. Di Onorato e Libertino, parla San Gregorio Magno nel libro 1 dei dialoghi. Infatti nell’anno 1071-1072 il console di Fondi Gerardo e sua moglie Lavinia, donarono il monastero di San Magno con tutti i suoi beni e possedimenti all’Abbazia di Montecassino, perdendo la propria autonomia.
Nel 1492 il monastero fu ceduto dai Benedettini di Montecassino ai Benedettini della congregazione di Santa Maria di Monte Oliveto che aveva ed ha la sua casa madre nel monastero di Monte Oliveto Maggiore in provincia di Siena. Intorno al 1500 furono avviati ingenti lavori di ampliamento e la completa riedificazione della chiesa ad opera di Prospero Colonna. Nel corso dei secoli si susseguirono numerosi spoliazioni e distruzioni, fino ad arrivare al 1798, quando i francesi demolirono alcuni locali del convento dopo averlo saccheggiato.
Nel maggio del 2006, sono venuti alla luce inaspettatamente, l’abside e parte del transetto di una chiesa medievale posta a livello inferiore rispetto all’abbazia proto cinquecentesca.
L’analisi delle porzioni di muratura ha ipotizzato che si trattasse di un edificio a croce latina a navata unica e transetto sporgente.
In particolar modo è stato possibile recuperare i preziosi affreschi posti sulle pareti interne dell’ala nord e dell’abside, appartenenti e due distinte fasi pittoriche. La superficie muraria interessata dal ciclo di affreschi era quasi del tutto ricoperta da uno strato di scialbatura a calce ed incrostazioni di terriccio. Terminati i lavori di recupero è stato possibile ricostruire l’impianto originale degli affreschi.
